La Saison 39 débutera le 5 Mars 2011, jour des 5 ans de Virtuafoot. En effet, le jeu est sorti le 5 Mars 2006, quelques mois avant le début de la Coupe du Monde en Allemagne.

Cette nouvelle saison sera donc l'occasion d'une mise à jour importante de Virtuafoot. Elle concernera plusieurs aspects du jeu :

Entraînement
La durée d'une séance d'entraînement passera à 1 heure.

Staff
Le staff de type Manager sera définitivement supprimé du jeu.

Matchs
Lorsqu'un match se termine sur un forfait, aucun temps de jeu ne sera comptabilisé pour les joueurs ayants été titularisés pour la rencontre.

Joueurs
Exceptionnellement pour cette saison, la condition physique de tous les joueurs du jeu sera réinitialisée à 99%.

Centre de formation
Le centre de formation subira quelques modifications.
En premier lieu, l'ergonomie du module d'entraînement des juniors sera revue afin de pouvoir entraîner tous ses joueurs en un seul clic.
La durée minimum de formation d'un junior sera également revue. Elle passera de 45 à 30 jours.
Enfin, un nouvel indicateur concernant les juniors sera introduit : La maturité. Cet indicateur, qui augmentera au fûr et à mesure des entraînements indiquera si votre recruteur junior estime que le junior est apte à intégrer l'effectif professionnel ou non. Si un joueur est considéré comme "mature" lors de sa signature de contrat pro, celui-ci aura un "bonus" de caractéristiques sportives.